Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms