Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
HOXD3P31249 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms