Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 LINC02551-202ENST00000533812 2203 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
BRPF3Q9ULD4 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms