Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TCOF1Q13428 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
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