Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 LINC00511-205ENST00000578206 908 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CLN3Q13286 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
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