Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms