Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ZNF540Q8NDQ6 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
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ZNF540Q8NDQ6 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ZNF540Q8NDQ6 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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