Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
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CHD3Q12873 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
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CHD3Q12873 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
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