Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC39Q9UFE4 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms