Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms