Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A2P12110 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A2P12110 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A2P12110 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A2P12110 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A2P12110 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A2P12110 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A2P12110 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A2P12110 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
COL6A2P12110 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A2P12110 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.1 ms