Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL6A1P12109 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms