Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CLDN9O95484 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CLDN9O95484 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms