Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms