Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 POLR3D-202ENST00000397802 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 UBR5-212ENST00000521922 9008 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ITGAV-201ENST00000261023 7030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms