Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TCOF1Q13428 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
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