Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIM2P55344 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIM2P55344 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIM2P55344 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 105.3 ms