Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms