Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms