Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 Metazoa_SRP.96-201ENST00000621315 318 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLN3Q13286 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLN3Q13286 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
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