Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
ATG4BQ9Y4P1 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms