Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms