Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms