Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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CLIP4Q8N3C7 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
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CLIP4Q8N3C7 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
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CLIP4Q8N3C7 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
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CLIP4Q8N3C7 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
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CLIP4Q8N3C7 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
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CLIP4Q8N3C7 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
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CLIP4Q8N3C7 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
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CLIP4Q8N3C7 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
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CLIP4Q8N3C7 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP4Q8N3C7 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms