Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms