Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMARCB1Q12824 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms