Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms