Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms