Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms