Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms