Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms