Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMD1Q9UGP4 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms