Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
MSX1P28360 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
MSX1P28360 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
MSX1P28360 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms