Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms