Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms