Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms