Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.2 ms