Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG3P49916 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG3P49916 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG3P49916 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG3P49916 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG3P49916 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG3P49916 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG3P49916 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG3P49916 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG3P49916 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG3P49916 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG3P49916 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG3P49916 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG3P49916 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG3P49916 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG3P49916 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG3P49916 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG3P49916 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG3P49916 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG3P49916 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG3P49916 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG3P49916 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG3P49916 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG3P49916 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG3P49916 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG3P49916 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG3P49916 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG3P49916 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG3P49916 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG3P49916 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG3P49916 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG3P49916 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG3P49916 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG3P49916 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG3P49916 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG3P49916 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG3P49916 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG3P49916 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG3P49916 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG3P49916 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
LIG3P49916 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
LIG3P49916 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG3P49916 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG3P49916 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG3P49916 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG3P49916 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG3P49916 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG3P49916 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIG3P49916 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIG3P49916 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIG3P49916 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIG3P49916 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIG3P49916 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIG3P49916 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIG3P49916 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIG3P49916 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIG3P49916 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIG3P49916 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIG3P49916 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIG3P49916 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIG3P49916 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIG3P49916 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIG3P49916 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIG3P49916 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIG3P49916 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIG3P49916 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIG3P49916 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIG3P49916 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIG3P49916 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
LIG3P49916 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
LIG3P49916 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIG3P49916 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIG3P49916 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIG3P49916 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
LIG3P49916 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIG3P49916 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIG3P49916 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIG3P49916 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIG3P49916 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIG3P49916 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIG3P49916 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIG3P49916 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIG3P49916 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIG3P49916 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIG3P49916 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
LIG3P49916 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIG3P49916 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIG3P49916 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms