Protein–RNA interactions for Protein: P40938

RFC3, Replication factor C subunit 3, humanhuman

Predictions only

Length 356 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFC3P40938 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
RFC3P40938 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
RFC3P40938 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
RFC3P40938 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
RFC3P40938 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
RFC3P40938 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
RFC3P40938 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
RFC3P40938 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
RFC3P40938 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
RFC3P40938 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
RFC3P40938 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
RFC3P40938 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
RFC3P40938 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
RFC3P40938 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
RFC3P40938 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
RFC3P40938 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
RFC3P40938 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
RFC3P40938 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
RFC3P40938 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
RFC3P40938 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFC3P40938 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFC3P40938 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFC3P40938 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFC3P40938 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFC3P40938 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFC3P40938 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFC3P40938 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFC3P40938 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFC3P40938 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFC3P40938 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFC3P40938 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFC3P40938 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFC3P40938 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFC3P40938 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
RFC3P40938 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
RFC3P40938 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
RFC3P40938 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
RFC3P40938 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFC3P40938 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
RFC3P40938 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFC3P40938 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
RFC3P40938 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFC3P40938 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFC3P40938 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
RFC3P40938 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFC3P40938 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFC3P40938 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
RFC3P40938 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
RFC3P40938 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
RFC3P40938 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
RFC3P40938 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
RFC3P40938 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
RFC3P40938 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFC3P40938 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFC3P40938 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFC3P40938 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFC3P40938 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFC3P40938 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFC3P40938 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFC3P40938 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFC3P40938 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFC3P40938 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFC3P40938 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFC3P40938 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFC3P40938 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFC3P40938 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFC3P40938 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFC3P40938 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFC3P40938 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFC3P40938 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFC3P40938 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFC3P40938 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
RFC3P40938 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
RFC3P40938 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
RFC3P40938 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
RFC3P40938 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
RFC3P40938 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFC3P40938 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFC3P40938 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFC3P40938 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFC3P40938 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFC3P40938 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFC3P40938 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFC3P40938 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
RFC3P40938 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
RFC3P40938 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
RFC3P40938 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
RFC3P40938 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
RFC3P40938 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
RFC3P40938 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
RFC3P40938 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms