Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms