Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms