Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
RPUSD4Q96CM3 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms