Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TCOF1Q13428 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TCOF1Q13428 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
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