Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SDC1P18827 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms