Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC42Q96M95 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms