Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP3Q7Z494 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms