Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP54Q70EL1 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms