Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXA4Q00056 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms