Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC21.95■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms