Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms